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一颗流星划过东京夜空，随它一同到来的还有希腊神话传说中的黄金苹果。善良的孤儿院女老师绘梨衣与孩子们过着平静的生活，但是她受到黄金苹果的召唤，化身为纠纷女神艾莉丝。为了实现毁灭世界的目的，她绑架了女神雅

“你是否拥有成为勇者的资格”——自称“宇宙贤者”的神秘男子“萨斯卡尔”对主角优马说的这句话，就是这场战斗的开始。他对优马施加了超乎想象的终极考验。“如果你失败了，将会失去亚刻的力量……”以怪兽防灾科学

遥远的未来——人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。现年16岁的セーラ·ウィーレック是联合阵营的名门独生女