在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
美山加恋,优香,坂口芳贞,谷育子,小川刚生,荒川大三郎,藤井皓太,桥本佳月,山本道子,中博史,高桥耕次郎,冈田吉弘,前田义信,福岛桂子,山口登,细谷佳正,宫崎宽务,光藤真白,高田始圣,田中绫,藤村天羽,武田幸史,岛崎信长,长岛雄一,山寺宏一,西田敏行
竹内顺子,植木诚,铃木真仁
三木真一郎,子安武人,关智一,細井治,矢尾一树,岩田光央,高木涉,有本钦隆,石冢运升
松冈由贵,杉田智和,平野绫,小野大辅,茅原实里,后藤邑子,桑谷夏子,白石稔,绪方贤一,小伏伸之
冈本信彦,堀江瞬,日笠阳子,早见沙织
长谷川育美,岛崎信长,伊濑茉莉也,土岐隼一,立花慎之介,小野大辅,福原克己
