继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
托尼·夏尔赫布,特蕾勒·霍华德,贾森·加里-斯坦福德
乔什·哈切森,特洛伊·布伦纳,塞斯·罗根,阿利维亚·阿林·林德,杰米·莫耶,帕特里克·考克斯,伊丽莎·库伯,凯瑟琳·拉·纳莎,亚提米丝·帕博达尼,德里克·威尔逊,肖恩·布朗,拉蒂·古普塔,萨拉·阿米尼,罗伯特·克雷格黑德,杰德·卡塔-普雷塔,艾普·马歇尔-米勒
雨果·卡塔兰,霍拉西奥潘切里,胡伯托·巴斯托,法比奥拉·坎波马内斯,盖比·艾斯比诺,Helena,Haro,亚历桑德罗·德·拉·马德里德
格蕾丝·林恩·孔,索菲亚·班茨哈夫,乔·柯布登,安东尼·莱姆克
德娅·J·鲍恩斯,Kerim,Hassan,Cosby,Prawl,Fergus,Rees,Malcolm,Kamulete,纳丁·马歇尔,雷·费隆,Ray,BLK,乔·玛蒂娜,卡尔·柯林斯,安迪·M·米利根,马诺伊·阿南德,Sofia,Price,Sheereen,Patel,Khairika,Sinani,吉妮西丝·林尼娅,汤姆·福布斯,弗朗西斯·洛夫霍尔,马克·雷恩斯伯里
O·T·法格本,阿丽克西斯·布莱德尔,阿曼达·布鲁盖尔,萨米拉·威利,伊冯娜·斯特拉霍夫斯基,伊丽莎白·莫斯,约瑟夫·费因斯,玛德琳·布鲁尔,安·唐德,塔蒂娜·琼斯,凯雅·金,布莱德利·惠特福德,克里·杜瓦尔,麦克思·明格拉,切莉·琼斯,Jonathan·Malen,Ipsita·Paul,西德妮·斯威尼,戴维·德兰西·威尔逊,乔丹娜·布莱克,尼娜·凯莉
