在「破晓起义」后前往地球的夏亚，在那与拥有不可思议力量的少女──拉拉．逊相遇。另一方面，致力推动RX-78开发计划的阿姆罗父亲──提姆･雷，得到吉翁方面MS开发计划的核心人物──米诺夫斯基博士逃亡的消息，因而动身前往月球。在月球表面上的微光区域，展开人类史上首次的MS死斗战。时间来到宇宙世纪0079年——。距离地球最远的宇宙都市SIDE 3，以吉翁公国之名向地球联邦政府挑起独立战争。这场战争导致人类的总人口数一半死去，动乱的时代正要开始——。
美山加恋,优香,坂口芳贞,谷育子,小川刚生,荒川大三郎,藤井皓太,桥本佳月,山本道子,中博史,高桥耕次郎,冈田吉弘,前田义信,福岛桂子,山口登,细谷佳正,宫崎宽务,光藤真白,高田始圣,田中绫,藤村天羽,武田幸史,岛崎信长,长岛雄一,山寺宏一,西田敏行
竹内顺子,植木诚,铃木真仁
三木真一郎,子安武人,关智一,細井治,矢尾一树,岩田光央,高木涉,有本钦隆,石冢运升
松冈由贵,杉田智和,平野绫,小野大辅,茅原实里,后藤邑子,桑谷夏子,白石稔,绪方贤一,小伏伸之
冈本信彦,堀江瞬,日笠阳子,早见沙织
长谷川育美,岛崎信长,伊濑茉莉也,土岐隼一,立花慎之介,小野大辅,福原克己
